自發綠豆芽之所以會發苦，可能是因為生綠豆芽的方法不正確。發綠豆芽全程都要避光，一開始就要蓋嚴實，中途不能打開蓋布，如果漏光過，發出來的豆芽就會發苦，還會發生變色的情況。

裝綠豆芽的容器要透氣，但不能見風，只要放在陰涼的地方就行，不然豆芽會變綠，出現發苦的情況。發綠豆芽一定要注意溫度，最適合的溫度是25~30度之間，溫度低了，發芽很慢，而溫度高了，豆芽容易出現腐爛現象。

另一個需要注意的問題，就是控制好濕度。容器要放在陰濕處，每天要灑幾次水以保濕度，也不能見風，否則葉子會變綠，也會苦。每天灑水，能保證濕度，同時也起降溫作用，因為豆芽在發芽時會釋放出熱量。

如果豆芽缺水了，豆瓣就會干癟不飽滿，從而影響食用。生綠豆芽，一般都用熱水浸泡，因為綠豆芽的表皮有些厚，不宜被泡開。當綠豆皮裂開，露出里面豆子，有的發出了小小芽，就可以開始發豆芽了。

豆芽生長到3~5里面就能取出來食用了，如果生長的太長，就會影響豆芽的口感。